Эктор является воспитанником знаменитой футбольной академии «Барселоны». Лондонский «Арсенал» приобрёл защитника у «Ла Масии» в 2011 году. Сезон 2013/14 Эктор провёл на правах аренды в «Уотфорде», сыграв восемь матчей за клуб. В Лиге чемпионов его дебют состоялся 16 сентября 2014 года в матче с дортмундской «Боруссией». 1 февраля 2015 года в матче против «Астон Виллы» в добавленное ко второму тайму время забил свой первый мяч за «Арсенал», матч завершился победой канониров со счетом 5:0. 4 апреля 2015 в матче 31-го тура АПЛ в матче против «Ливерпуля», закончившемся победой канониров 4:1, забил первый мяч своей команды. 22 января 2019 года «Арсенал» подтвердил, что Эктор получил разрыв крестообразных связок и пропустит от 6 до 9 месяцев, таким образом игрок уже не сыграет в сезоне 2018/2019.