Сиссоко — воспитанник клуба «Брест». 29 апреля 2016 года в матче против «Эвиана» он дебютировал в Лиге 2. 8 декабря 2017 года в поединке против «Бурк-ан-Бреса» Ибраима забил свой первый гол за «Брест». Летом 2018 года Сиссоко перешёл в «Страсбур». 12 августа 2018 года в матче против «Бордо» он дебютировал в Лиге 1. В этом же поединке Ибраима забил свой первый гол за «Страсбур».