Игорь Пердута родился в Теребовле в семье футболиста-любителя. Заниматься футболом начинал в родном городе, где его первым тренером стал Олег Стреминский. После пятого класса Пердута переехал в городок Копычинцы, где продолжил занятия в местной команде «Надия», в составе которой участвовал в соревнованиях ДЮФЛ. Среднюю школу Игорь заканчивал в специализированном футбольном классе при Тернопольском национальном педагогическом университете. В этом же ВУЗе он продолжил обучение и в дальнейшем, выступая параллельно за университетскую команду ФК «Тернополь».