5 февраля 2017 года, в 23-м туре чемпионата Италии против «Ювентуса», Перишич получил свою первую в карьере красную карточку. Хорват был дисквалифицирован на два матча Итальянской федерацией футбола, но после того как «Интер» обжаловал дисквалификацию она была сокращена до одного матча. 19 февраля, в матче против «Болоньи», Перишич впервые появился на поле после истечения срока дисквалификации. Свой второй сезон в «Интере» Перишич закончил сделав 42 выступления во всех соревнованиях, забив 11 голов и отдав 10 голевых передач; это был его самый высокий результат с сезона 2010/11 (тогда хорват выступал в «Брюгге»). Перишич начал свой третий сезон в итальянском клубе на высоте; в первом же матче Серии А против «Фиорентины» хорват забил и отдал голевую передачу, а затем отдал две голевые передачи в матче против «Ромы», позволив «Интеру» выиграть со счетом 3:1. Это была первая победа «Интера» на «Стадио Олимпико» за девять последних лет. 8 сентября Перишич подписал новый контракт с «нерадзурри» до июня 2022 года. 30 декабря Перишич сыграл в своём сотом матче за «Интер» во всех турнирах. В сезоне 2017/18 хорват провёл 37 матчей, в которых забил 11 мячей.