Воспитанник футбольной академии клуба «Базель», в составе первой команды дебютировал в 2005 году. Проведя два сезона в основе швейцарского клуба, летом 2007 года перешёл в немецкий «Шальке-04», за который отыграл 97 матчей и забил 12 голов. В зимнее трансферное окно сезона 2010/11 перешёл в испанскую «Севилью», вместе с которой выиграл свой первый европейский трофей — Лигу Европы. За 3,5 года в команде Ракитич сыграл 117 матчей и забил 27 мячей, став капитаном и лидером клуба. В июне 2014 года стал игроком «Барселоны». В сентябре 2020 года, после 6 лет, проведённых в каталонском клубе, вернулся в «Севилью».