Жеан Соуза является воспитанником «Фламенго». С 2018 года тренируется с основной командой. Сыграл 5 встреч в Лиге Кариока. 22 апреля 2018 года дебютировал в бразильской Серии А, выйдя на замену вместо Лукаса Пакеты в поединке против «Америка Минейро». 24 мая того же года дебютировал в Кубке Либертадорес поединком против известного аргентинского клуба «Ривер Плейта».