Джимми Марин начинал свою карьеру футболиста в коста-риканском клубе «Депортиво Саприсса» в родном городе Сан-Хосе. 6 мая 2015 года он дебютировал в коста-риканской Примере, выйдя на замену в конце гостевого поединка против «Кармелиты». 23 августа того же года Марин забил свой первый гол на высшем уровне, ставший единственным и победным в гостевом матче с командой «Перес-Селедон». В середине 2016 года Джимми Марин перешёл в «Эредиано», подписав трёхлетний контракт, но был тут же отдан в аренду «Белену», за который отыграл Зимний чемпионат 2016. За «Эредиано» он дебютировал 9 января 2017 года в матче против «Перес-Селедона». Летом 2019 года Марин перешёл в клуб чемпионата Израиля «Хапоэль» (Беэр-Шева), подписав контракт на три года. За израильский клуб он дебютировал 11 июля в матче квалификации Лиги Европы 2019/20 против албанского «Лячи». 2 июля 2022 года подписал контракт с «Оренбургом».