Джонатан является воспитанником клуба из своего города «Бонди», где его заметили скауты ведущего французского клуба — «Пари Сен-Жермена». С 12 до 17 лет обучался в академии команды. С 2015 года — игрок второй команды. 11 апреля 2015 года сыграл свой первый профессиональный матч против «Манта 78», выйдя на замену во втором тайме и сыграв 10 минут. Всего за вторую команду провёл 9 матчей, забил 2 мяча. 11 июня 2016 года подписал с «ПСЖ» стандартный трёхлетний контракт до 2019 года.