Джонатан начинал свою карьеру в довольно скромных немецких клубах «Конкордия фон 1907» и «Альтона 93», после чего перебрался в «Гамбург». За «Гамбург» он дебютировал 4 августа 2013 года в матче кубка Германии. В первой Бундеслиге Джонатан дебютировал 24 августа 2013 года в матче против «Герты». С этого момента защитник занял прочное место в составе и регулярно выходит на поле. В мае 2016 года Джонатан Та подписал контракт с «Байером» до 30 июня 2020 года. В феврале 2018 года Джонатан Та продлил контракт с клубом до 2023 года.