В 2006 году Джордан Айю вместе со со старшим братом Андре оказался в марсельском «Олимпике». Хорошо проявив себя на молодёжном уровне, он в 2009 году заключил с клубом трёхлетний профессиональный контракт. В декабре 2009 года испытывающий нехватку нападающих тренер «Олимпика» Дидье Дешам впервые вызвал Джордана в основной состав клуба. Айю дебютировал 16 декабря 2009 года в матче чемпионата Франции против «Лорьяна», в котором забил свой первый гол, ставший для его команды победным. В том сезоне «Олимпик» выиграл чемпионат Франции, Айю принял участие в четырёх матчах, в которых отличился одним голом. Начиная с сезона 2010/2011 Айю стал играть за основной состав «Олимпика» регулярно, дважды становился серебряным призёром чемпионата Франции, на протяжении четырёх сезонов вместе с клубом играл в еврокубках. Летом 2012 года сообщалось об интересе к Айю со стороны английского «Рединга», который предлагал за футболиста 3,5 млн фунтов. Летом 2013 года Джордан был близок к переходу в английский «Вест Бромвич Альбион».