Хуан начинал свою карьеру в академии севильского «Бетиса». В 2014 году четырнадцатилетний Хуан присоединился к системе именитой «Барселоны». 19 августа 2017 года он дебютировал за резервную команду в матче Сегунды с клубом «Реал Вальядолид» (2:1). В сезоне 2017/18 Миранда в составе «Барселоны» выиграл юношескую лигу УЕФА. 31 октября 2018 года Миранда дебютировал за первую команду «Барселоны», выйдя в основном составе на гостевой матч Кубка Испании с клубом «Культураль Леонеса» (1:0). 11 декабря он дебютировал в Лиге чемпионов в домашнем матче группового этапа с английским клубом «Тоттенхэм Хотспур» (1:1). 30 августа 2019 года Миранда отправился в аренду на два года в немецкий клуб «Шальке 04». 2 июня 2021 года по истечении аренды в «Реал Бетис» подписал с клубом полноценный контракт.