18 июля 2012 года Жуниор Мораес возвращается в Донецк, подписав трёхлетний контракт с «Металлургом». 22 мая 2015 года перешёл в киевское «Динамо». Контракт подписан сроком на три года. В феврале 2017 года перешёл на правах аренды в китайский «Тяньцзинь Цюаньцзянь». По окончании сезона 2017/18 покинул «Динамо». 18 июня 2018 года заключил двухлетнее соглашение с донецким «Шахтёром» в статусе свободного агента, чем вызвал бурное негодование среди болельщиков его бывшего клуба, киевского «Динамо», как главного конкурента «Шахтёра» в борьбе за чемпионство. 25 августа 2019 года, в поединке V тура украинского чемпионата с ФК «Мариуполь» (5:1) Жуниор Мораес забил 100-й мяч в украинской карьере, став 16-м игроком, достигшим этого рубежа в составе отечественных команд за годы независимости.