В течение семи лет (с сентября 2002 года по август 2009 года) состоял в рядах «Манчестер Сити». За основную команду играл крайне редко (в 2002—2007 годах не играл за неё вовсе, в августе — сентябре 2007 года провёл за неё семь матчей, после чего был вытеснен из состава Джо Хартом, в 2008 году сыграл ещё три матча). Отдавался в аренду в пять различных клубов — в основном в команды низших английских лиг, а также в клуб шотландской Премьер-лиги «Фалкирк». В августе 2009 года был подписан «Ноттс Каунти», который по итогам сезона стал чемпионом Второй лиги, за рекордную для клуба сумму в размере 1,5 млн фунтов. Удержать игрока из-за его высокой зарплаты «Ноттс Каунти» не смог и объявил о предварительном расторжении контракта, предоставив игроку статус свободного агента. В июле 2010 года Шмейхель перешёл в «Лидс Юнайтед». 20 июня 2011 года перешёл в «Лестер Сити». На данный момент (2023 год) представляет интересы французского футбольного клуба «Страсбур».