С шестилетнего возраста увлекается футболом, играл в молодёжных клубах «Райниккендорфер Фюксе» и «Герта», в основном составе которой дебютировал в 2005 году. Проведя 13 лет в структуре берлинского клуба, летом 2007 года перешёл в английский «Тоттенхэм Хотспур» за 5,4 млн фунтов. В 2009 году, после не сильно удачного выступления за «шпор», был отправлен до конца сезона в аренду в «Боруссию» Дортмунд. После возвращения из аренды за 4 млн фунтов перешел в английский «Портсмут», где провёл один сезон, после чего за 5,7 млн евро перешёл в итальянский «Дженоа» и незамедлительно был отдан в аренду в «Милан». Спустя сезон «красно-чёрные» выкупили контракт Кевина за 7,5 млн евро. В составе «Милана» Боатенг стал чемпионом Италии и обладателем Суперкубка. Летом 2013 года за 10,0 млн евро перешёл в немецкий «Шальке 04». Спустя два сезона, в декабре 2015 года, клуб объявил о расторжении контракта, после чего Боатенг вернулся в «Милан», где провёл остающуюся половину сезона. Летом 2016 года перешел в испанский «Лас-Пальмас», спустя сезон вновь вернулся в Бундеслигу, совершив переход в «Айнтрахт», в составе которого стал обладателем Кубка Германии, после чего вернулся в Италию, перейдя в «Сассуоло». В январе 2019 года за 1 млн евро на правах аренды до конца сезона перешёл в испанскую «Барселону».