В 2013 году Кшиштоф перешёл в «Заглембе» из Любина. 18 мая в матче против «Краковии» он дебютировал в польской Экстраклассе. По итогам сезона команда вылетела в Первую лигу Польши, но Пёнтек остался в клубе. В поединке против «Хробры» забил свой первый гол за «Заглембе». По итогам сезона забил 8 голов и помог клубу вернуться в элиту. Летом 2016 года Пёнтек перешёл в «Краковию». 9 сентября в матче против «Лехии» Гданьск дебютировал за новую команду. 2 октября в поединке против «Короны» сделал дубль, забив свои первые голы за «Краковию». В январе 2020 года подписал контракт с берлинской «Гертой». По данным СМИ за его трансфер немцы заплатили 27 млн евро. Дебют в составе нового клуба состоялся 31 января 2020 года в рамках домашнего матча чемпионата Германии против «Шальке 04» (0:0). Пёнтек вышел в середине второго тайма, заменив Мариуса Вольфа. Дебютный гол за «бело-голубых» поляк забил уже в следующей игре в рамках Кубка Германии против того же «Шальке».