Лисандро Магальян родился 27 сентября 1993 в Ла-Плате, провинции Буэнос-Айрес. Является воспитанником «Химнасии и Эсгримы» из Ла-Платы, где он играл за юношескую команду. Дебютировал за основную команду «Химнасии» 10 августа 2010 в матче против «Олимпо». В январе 2013 Магальян попал в заявку сборной Аргентины для участия в молодёжном чемпионате Южной Америки в Аргентине, где был назначен капитаном команды. В январе 2019 года перешёл в амстердамский «Аякс», подписав с клубом контракт на 4,5 года. В сентябре 2019 года был отдан в аренду в испанский «Алавес». 3 сентября 2020 года перешёл на правах аренды в итальянский клуб «Кротоне»