Свою футбольную карьеру Малком начал в своем родном городе Сан-Паулу, в команде «Коринтиансе», попав в молодёжную школу в 11-летнем возрасте. Спустя шесть лет попал в основную команду «Коринтианс», куда его пригласил известный бразильский специалист Мано Менезес. 27 апреля 2014 года в матче против «Фламенго» он дебютировал в бразильской Серии А. 19 сентября в поединке против «Шапекоэнсе» Малком забил свой первый гол за «Коринтианс». В 2015 году он помог команде выиграть чемпионат. Всего за «Коринтианс» Малком сыграл 71 матч и забил 10 голов во всех турнирах. В начале 2016 года Малкомом активно интересовалась дортмундская «Боруссия», но в результате он перешёл во французский «Бордо». Сумма трансфера составила 5 миллионов евро. Контракт подписан до 2020 года. 7 февраля в матче против «Сент-Этьена» он дебютировал в Лиге 1. Свой первый гол за «Бордо» забил 10 февраля 2016 года в матче Кубка Франции против «Нанта». Матч закончился со счетом 3-4 в пользу гостей. 7 мая 2016 года в матче против «Лорьяна» Малком забил свой первый гол в Лиге 1. Всего за 3 месяца игрок сыграл 13 матчей и забил 2 гола во всех турнирах. Сезон 2016/2017 начал с забитого гола уже в матче 1-го тура чемпионата Франции против «Сент-Этьена». Всего за сезон сыграл 45 матчей и забил 9 голов за клуб. Летом 2017 года многие европейские клубы начали обращаться к «Бордо» насчёт трансфера Малкома. Среди претендентов на игрока были такие клубы как лондонский «Арсенал», мюнхенская «Бавария» и «Манчестер Юнайтед», но игрок остался во Франции. 19 августа 2017 года в матче против «Лиона» оформил свой первый «дубль» за «Бордо». За первую половину сезона 2017/2018 годов Малком отыграл за «Бордо» в 19 матчах, в которых забил семь мячей и отдал пять голевых передач. 24 июля 2018 года заключил пятилетний контракт с «Барселоной» — всего через сутки после договорённостей «Бордо» с «Ромой». Сумма трансфера составила 41 млн евро. 25 августа в матче против «Реал Вальядолида» он дебютировал в Ла Лиге, заменив во втором тайме Филиппе Коутиньо. 6 ноября в поединке Лиги чемпионов против итальянского «Интера» Малком забил свой первый гол за «Барселону». 2 августа 2019 года перешёл в «Зенит» за 40 миллионов евро, плюс пять миллионов евро команда заплатит «Барселоне» в качестве бонусов. Контракт был подписан на пять лет. Дебютировал в премьер-лиге 3 августа, выйдя на замену во втором тайме в матче против «Краснодара» (1:1). В середине августа 2019 года в матче 5-го тура чемпионата России против московского «Динамо» получил травму бедра, из-за чего может восстановиться только к концу сентября. Позже стало известно, что, из-за долгого восстановления, ему пришлось сделать операцию. Восстановление бразильца затянулось до зимней паузы в чемпионате. 14 марта 2020 года Малком забил первый гол за «Зенит», поразив ворота «Урала», а также отдал первую голевую передачу.