Сезон 2019/20 начался для «Пари Сен-Жермен» традиционным матчем за Суперкубок против «Ренна», где «парижане» смогли одержать победу (2:1). Первый гол в этом сезоне Маркиньосу удалось забить 25 августа, на 83-й минуте матча против «Тулузы», завершённого со счётом 4:0. В октябре 2019 года журнал France Football включил Маркиньоса и его партнёра по команде Килиана Мбаппе в список тридцати номинантов на «Золотой мяч». В январе 2020 года бразилец продлил контракт с «Пари Сен-Жермен» до 2024 года. До паузы чемпионата 13 марта 2020 года, вызванной пандемией COVID-19, Маркиньос успел провести 19 матчей, в которых ему удалось забить три гола и отдать одну голевую передачу. 28 апреля 2020 года стало известно, что из-за запрета проведения любых спортивных мероприятий во Франции (включая мероприятия без зрителей) до сентября 2020 года, сезон 2019/20 французской Лиги 1 не будет возобновлён и доигран, по итогам «Пари Сен-Жермен» признан досрочным чемпионом.