Первоначально занимался разными видами спорта, в частности кикбоксингом и карате. В возрасте 7 лет пошёл в футбольную секцию Василия Ивановича Бутакова, который, по словам Кержакова, «работал на заводе и в свободное время ходил по дворам, собирал детей». В футбольной школе «Зенит», где уже учился брат Александр, Михаил стал вратарём. Из школы был взят в дубль «Зенита» с лета 2004 года, где вскоре стал первым вратарём. В период межсезонья, на сборе в Испании, был первым вратарём основного состава (Вячеслав Малафеев и Камил Чонтофальски были в своих сборных). С ним «Зенит» выиграл турнир «Marbella Cup». C 2003 года регулярно вызывался в сборную России по футболу среди юношей 1987 года рождения. С 2006 — попал в состав молодёжной сборной России. После окончания общеобразовательной школы в 2004 году поступил в Академию физической культуры имени Лесгафта, но после перешёл в РГПУ им. Герцена, где закончил учёбу по специальности педагог детей дошкольного возраста. В 2008 году был арендован ульяновской «Волгой».16 июня 2015 года было объявлено, что Кержаков перешёл в «Зенит», контракт был рассчитан на 4 года. Дебютировал в составе клуба 23 сентября в гостевом матче 1/16 финала Кубка России против тверской «Волги». 29 сентября отыграл домашний матч Лиги чемпионов против «Гента». 3 октября дебютировал в чемпионате России, отстояв домашнюю игру с «Ростовом» на ноль. В чемпионате 2016-2017 дебютировал в домашнем матче 5 тура против «Амкара», в этой же игре впервые сыграл вместе с братом Александром в составе «Зенита».