Летом 2017 года президент «Сампдории» Массимо Ферреро сообщил, что Шкриньяр переходит в «Интернационале». 7 июля 2017 года игрок подписал контракт с клубом на пять лет. «Интер» заплатил за словака около 20 млн евро, а также отдал нападающего Джанлуку Капрари. Это был рекордный трансфер для футболиста из Словакии. В «Интере» Шкриньяр взял себе 37-й номер. Словак сразу стал основным защитником «Интера»: в сезоне 2017/18 Милан сыграл все 38 матчей в чемпионате Италии, забил 4 мяча и получил всего две жёлтые карточки. В сезоне 2018/19 сыграл в серии А 35 матчей, а в сезоне 2019/20 — 32 матча. 21 августа 2020 года в финале Лиги Европы УЕФА против «Севильи» Шкриньяр остался в запасе, «Интер» уступил со счётом 2:3.