Начинал свою карьеру в египетском клубе «Мокавлун». За него он выступал в течение трёх лет. В 2013 году эль-Ненни переехал в Европу и заключил контракт со швейцарским «Базелем». В дебютном сезоне ему вместе с командой удалось победить в чемпионате страны. 14 января 2016 года официально объявлен игроком лондонского «Арсенала».