Мохамед начал играть за молодёжную команду «Замалек» до 2016 года. В начале сезона 2016/17 он был вызван в основную команду и был отдан в аренду в «Эль Дахлея». За клуб провёл 16 матчей в чемпионате и забил три мяча. Следующие два сезона Мохамед играл в аренде за «Танту» и «Тала Аль Гаиш». 1 сентября 2019 года он дебютировал за «Замалек» в полуфинале Кубка Египта против «Иттихад Александрии». Мохамед отпраздновал свой первый успех в «Замалеке», выиграв с клубом Кубок Египта. В финале «Замалек» обыграл «Пирамидс» 3:0. 2 января 2020 года Мохамед забил гол на 42-й минуте игры в ворота «Асуана» в 11-м туре чемпионате Египта. 28 января 2020 года Мохамед забил гол с дальней дистанции на 15-й минуте в матче против «Вади Дегла», который закончился вничью 1:1. 1 февраля 2021 года Мохамед перешёл в турецкий «Галатасарай» подписав контракт сроком на полтора года с заявленной комиссией в размере 2 миллионов долларов с возможным правом выкупа за 4 миллиона долларов. Он стал первым египтянином, подписавшим контракт с клубом, базирующимся в Стамбуле. 2 февраля Мохамед забил гол с пенальти в своём дебютном матче, выйдя на замену на 46-й минуте в матче Суперлиги против «Истанбул Башакшехир». 6 февраля он забил единственный гол на 54-й минуте в выездной игре против «Фенербахче». 27 февраля в матче против «ББ Эрзурумспор» сделал дубль.