В 10 лет проходил отбор в академию «Васко да Гама». Затем пробовался в «Интернасьонал» и «Виторию». С 2012 года выступал за молодежную команду «Крузейро». 20 марта 2017 года сыграл свой первый матч за основной состав клуба в чемпионате Бразилии, выйдя в стартовом составе в матче с «Жоинвилем». Всего в чемпионате Бразилии провёл 34 матча. 28 февраля 2018 года дебютировал в Кубке Либертадорес на выезде с аргентинским «Расингом». Встреча завершилась поражением бразильцев со счётом 2:4. В июне 2019 года во время выступления Мурило на турнире в Тулоне английские СМИ распространили информацию, что бразильцем интересовался наставник «Манчестер Сити» Пеп Гвардиола. Называлась возможная сумма трансфера — 15 миллионов фунтов стерлингов. 18 июня подписал пятилетний контракт с московским «Локомотивом». Дебютировал за новую команду 6 июля в игре за Суперкубок России с «Зенитом» (3:2). Мурило вышел в стартовом составе и провел на поле все 90 минут. Свой первый гол в карьере забил 23 августа 2020 года в матче против московского «Спартака».