Первый матч за основную команду лионского «Олимпика» провёл 31 августа 2013 года. Это была гостевая игра против «Эвиана» в рамках 4-го тура чемпионата Франции 2013/2014. Поединок закончился победой хозяев со счётом 2:1. Первый гол за команду забил 27 апреля 2014 года в матче 35-го тура чемпионата Франции. «Лион» на своём поле разгромил «Бастию» со счётом 4:1. В сезоне 2014/2015 был игроком основного состава. Провёл в чемпионате 34 игры, забил 13 голов и сделал 9 голевых передач. 29 августа 2015 года оформил свой первый хет-трик в карьере, это случилось в матче против «Кана». 4 сентября 2015 года, играя в товарищеском матче со сборной Португалии, Фекир получил тяжелейшую травму — разрыв крестообразных связок колена. 8 апреля 2016 года в матче против «Монпелье», Фекир после семимесячного отсутствия из-за травмы вернулся на поле, заменив Максвела Корне на 86-й минуте матча. Игра закончилась со счетом 0-2 в пользу «Лиона». В сезоне 2015/2016 провёл 9 игр в чемпионате, забил 4 гола. В сезоне 2016/2017 сыграл 32 матча и забил 9 голов в чемпионате. В сезоне 2017/18 сыграл 30 матчей и забил 18 голов в чемпионате.