Начало сезона 2009/10 для Николя выдалось тяжелым. В первом же матче сезона его удаляют с поля, а затем он получает серьёзную травму. В ходе обследования выяснилось, что он порвал крестообразные связки в правом колене. Его сменщиком стал Ги Н’Ди Ассембе, а сам футболист восстановился лишь в январе 2010 года. Во время своего лечения Пеннето сближается с Микаэлем Ландро, который тоже был травмирован. Через несколько лет Николя поддержал своего друга после того как Лилль терпит разгромное поражение. В ноябре 2011 года Пеннето продлил контракт с «Валансьеном» до июня 2016 года. Летом 2014 года стал игроком бельгийского «Шарлеруа».