Фаджиоли — воспитанник клубов «Пьяченца», «Кремонезе» и «Ювентус». 27 января 2021 года в поединке Кубка Италии против СПАЛа Николо дебютировал за основной состав последнего. 22 февраля в матче против «Кротоне» он дебютировал в итальянской Серии A. Летом того же года Фаджиоли для получения игровой практики был арендован клубом «Кремонезе». В матче против «Читтаделлу» он дебютировал итальянской Серии B.