Рафаэл Толой дебютировал в основном составе «Гояса» 26 марта 2008 года в матче Лиги Гояно против «Жатаиенсе». Самый титулованный клуб штата разгромил своего соперника со счётом 4:1. За пять лет, проведённых в составе «зелёных», Толой дважды становился чемпионом штата. В 2010 году вместе с «Гоясом» сумел дойти до финала Южноамериканского кубка — это было наивысшее достижение в истории клуба на международной арене, однако в том же году команда вылетела из бразильской Серии A. В середине 2012 года Рафаэл Толой перешёл в «Сан-Паулу» и в конце того года стал с «трёхцветными» обладателем Южноамериканского кубка. Для Толоя это был второй финал турнира, теперь победный. В январе 2014 года Толой перешёл в итальянский футбольный клуб «Рома» на правах аренды до конца сезона 2013/14. В середине 2014 года Рафаэл вернулся в «Сан-Паулу».