Диаш — воспитанник клубов «Эштрела Амадора» и «Бенфика». Для получения игровой практики Рубен начал выступать за дубль «орлов». 30 сентября 2015 года в матче против «Шавиша» он дебютировал в Сегунда лиге. Летом 2017 года Диаш был включён в заявку основной команды. 16 сентября в матче против «Боавишты» он дебютировал в Сангриш лиге. 3 февраля 2018 года в поединке против «Риу Аве» Рубен забил свой первый гол за «Бенфику». 27 сентября 2020 года Диаш за 68 млн. евро перешёл в «Манчестер Сити». Контракт подписан на 6 лет. «Бенфика» также сможет рассчитывать на дополнительные 3,6 млн в виде бонусов по итогам результатов защитника в новой команде. В сентябре 2021 в результате общекомандного голосования был назначен вице-капитаном команды.