13 декабря 2020 года в матче против «Фиорентины», ударом со штрафного, забил свой первый гол в сезоне 2020/21 в Серии А. 27 января в матче против «Лацио» забил свой дебютный гол в Кубке Италии и помог «Аталанте» выйти в полуфинал турнира (3:2). В начале апреля Руслан повторил достижение Луиша Фигу 2007 года, отметившись двумя ассистами в двух матчах Серии А подряд. 21 марта 2021 года забил победный гол в матче против «Вероны» и в следующих 10 матчах чемпионата подряд отмечался результативными действиями (6 голов, 9 голевых передач). 19 мая 2021 года забил гол в финале Кубка Италии в матче против «Ювентуса» (1:2). Всего в сезоне 2020/21 Малиновский провел в футболке бергамасков 42 поединка во всех турнирах, в которых ему удалось забить 10 голов и стать лучшим ассистентом Серии А (12 передач). 21 сентября 2021 года отдал первый результативный пас в сезоне 2021/22, ассистировав Робину Госенсу. Этот пас помог «Аталанте» одолеть «Сассуоло» со счетом 2:1. 25 сентября 2021 года отметился дебютным голом в сезоне, дальним ударом из-за пределов штрафной поразив ворота «Интера» (2:2). 14 февраля 2022 года в поединке 25-го тура против «Ювентуса» Малиновский отметился очередным голом, который стал для него 22-м в Серии А с момента перехода в «Аталанту» в 2019 году и 14 забитым из-за пределов штрафной площадки соперников. С тех пор больше голов дальними ударами среди игроков топ-5 лиг забил только Лионель Месси — на счету аргентинца 18 мячей. 24 февраля 2022 года в матче против греческого «Олимпиакоса» в 1/16 финала Лиги Европы оформил первый дубль за бергамасков (0:3). 10 марта 2022 года в поединке 1/8 финала Лиги Европы против «Байера 04» Руслан отметился голом и 2 ассистами (3:2).