Чуквуезе — начал заниматься футболом на родине, играя в различных академиях. В 2017 году его заметили скауты испанского «Вильярреала» и он подписал контракт с клубом. Для получения игровой практики Самуэль начал выступать за команду дублёров. 15 апреля 2018 года в матче против «Сабаделя» он дебютировал в Сегунде B. Летом Чуквезе был включён в заявку основной команды. В сентябре в поединке Лиги Европы против шотландского «Рейнджерс» Самуэль дебютировал за основу, заменив во втором тайме Николу Сансоне. 1 ноября в поединке Кубка Испании против «Альмерии» Самуэль забил свой первый гол за «Вильярреал». 4 ноября в матче против «Леванте» он дебютировал в Ла Лиге. 13 декабря в поединке Лиги Европы против московского «Спартака» Самуэль забил гол. В 2021 году Чуквезе помог команде выиграть Лигу Европы, отметившись в рамках розыгрыша мячом в ворота турецкого «Сивасспора». В розыгрыше Лиги чемпионов 2021/2022 в матчах против мюнхенской «Баварии» и швейцарского «Янг Бойз» он забил по голу.