Фофана — воспитанник клуба «Лорьян». В сезоне 2012/2013 провёл за вторую команду 10 матчей и забил 1 гол. В 2013 году перешёл в английский клуб «Манчестер Сити». 27 ноября 2014 года отправился в аренду на полтора сезона в английский клуб «Фулхэм». 29 ноября 2014 года дебютировал за «Фулхэм» в матче против клуба «Брайтон энд Хоув Альбион». 21 марта 2015 года забил единственный гол за команду в матче против клуба «Хаддерсфилд Таун». 29 июля 2015 года отправился в годовую аренду в клуб «Бастия». 8 августа 2015 года дебютировал за новую команду в матче против клуба «Ренн», выйдя в стартовом составе. 24 июня 2016 года перешёл в «Удинезе» за 3,5 млн евро.