В сезоне 2018/19 играл в юношеской лиге УЕФА и в фарм-клубе «Локомотива» «Казанка». Дебютировал за основной состав команды 26 мая 2019 года против «Уфы», выйдя на замену на 90-й минуте вместо Фёдора Смолова.

9 августа 2020 года продлил контракт на четыре года.

По итогам 2020 года Магкеев стал номинантом премии «Первая пятерка», вручаемой ежегодно с 2002 года лучшему молодому игроку российского футбола.

27 сентября 2021 года получил тяжёлую травму во время игры и выбыл на длительный срок.