Баокен — воспитанник клубов АСПТТ, «Грас» и «Ницца». 29 мая 2011 года в матче против «Валансьена» он дебютировал в Лиге 1, в составе последних. 10 марта 2013 года в поединке против «Монпелье» Стефан сделал «дубль», забив свои первые голы за «Ниццу». Летом того же года Баокен был арендован шотландским «Сент-Мирреном». 31 августа в матче против «Партик Тисл» он дебютировал в шотландском Чемпионшипе. Летом 2014 года Баокен перешёл в «Страсбур», подписав контракт на два года. 8 августа в матче против «Коломье» он дебютировал в Лиге 3. 6 сентября в поединке против «Кольмара» Стефан забил свой первый гол за «Страсбур». В 2016 году Баокен помог клубу подняться в более высокий дивизион. 6 августа в матче против «Амьена» он дебютировал в Лиге 2. В 2017 году Стефан помог команде выйти в элиту. Летом 2018 года Баокен перешёл в «Анже». 11 августа в матче против «Нима» он дебютировал за новую команду. 15 сентября в поединке против «Дижона» Стефан забил свой первый гол за «Анже».