Тоби Алдервейрелд родился 2 марта 1989 года в районе Вилрейк города Антверпен. Его семья проживала недалеко от железнодорожной станции Экерен, возле которой располагался футбольный стадион. По его словам, он начал играть в футбол в возрасте пяти лет в клубе «Жерминаль Экерен». В 1999 году его команда изменила название на «Жерминаль Беерсхот»; после реформации клуб начал активно сотрудничать с «Аяксом» в плане развития детско-юношеского футбола. Несколько юных игроков «Жерминаля», среди которых был Том де Мюл, Томас Вермален и Ян Вертонген, пополнили футбольную академию амстердамской команды. В 2004 году, в возрасте 15 лет, Алдервейрелд переехал в Амстердам. По субботам он играл матчи за юношеский состав «Аякса», после чего его отец забирал его домой, а на следующий день Тоби приходилось возвращаться обратно в Амстердам. С сезона 2007/08 Алдервейрелд стал выступать за молодёжный состав «Аякса», тогда же в феврале 2007 года Тоби подписал профессиональный контракт с клубом до 30 июня 2010 года.