31 марта 2017 года в гостевом матче против своего бывшего клуба «Герта» Вагнер сломал палец из-за столкновения с капитаном «Герты» Ведадом Ибишевичем. После наложения фиксирующий повязки футболист продолжил играть и даже смог отдать голевую передачу на Андрея Крамарича. Игра закончилась со счётом 3:1 в пользу «Хоффенхайма». Всего за этот клуб Вагнер провёл 42 матча и забил 15 мячей. 20 декабря 2017 года Сандро заключил контракт на два с половиной года с мюнхенской «Баварией», вернувшись в клуб спустя десять лет. Сумма трансфера составила 13 млн евро. В мюнхенском клубе Вагнер взял необычный для нападающего второй номер. С назначением Нико Ковача на должность главного тренера «Баварии» Сандро стал редко попадать в состав, за полгода сыграв лишь 12 матчей во всех турнирах и отличившись одним забитым голом. В январе 2019 года Вагнеру поступило предложение от китайского клуба «Тяньцзинь Тэда», которое спортивный директор «Баварии» Хасан Салихамиджич назвал крайне выгодным. 30 января переход официально состоялся, сумма трансфера составила 5 млн евро. 2 августа 2020 года объявил о завершении карьеры.