В начале сезона 2020/21 киевский клуб столкнулся с большим количеством травм, поэтому Миколенко перешёл играть на позицию центрального защитника, на которой он выступал на юношеском уровне. 19 сентября 2020 года в домашнем матче против «Львова» (3:1) впервые вывел «Динамо» на поле с капитанской повязкой, став вторым (после Виктора Цыганкова) самым молодым капитаном команды в матчах чемпионата Украины. На тот момент игроку исполнился 21 год и 113 дней. 14 марта 2021 года провёл свой 100-й поединок за киевское «Динамо», выйдя в стартовом составе на матч с «Зарёй» (2:0); из них 65 матчей в чемпионатах Украины, 26 — в еврокубках, 8 — в национальном Кубке и один — в Суперкубке. На счету защитника пять забитых мячей: 3 — в украинской Премьер-лиге (все в ворота «Александрии» в течение сезона 2019/20) и 2 — в еврокубковых встречах. За киевское «Динамо» Миколенко выступал до конца 2021 года и в общей сложности провёл за родную команду 132 матча во всех турнирах, отметившись семью забитыми голами.