Начал карьеру в клубе «Тигрес ду Бразил», после чего в 2015 году перешёл в «Флуминенсе». Дебютировал в чемпионате Бразилии 14 мая 2017 года в матче против «Сантоса». Первый гол в чемпионате забил 18 июня 2017 года в игре против Фламенго. Всего в сезоне Серии A 2017 года Вендел провёл 33 матча и забил 5 голов. 6 января 2018 года игрок перешёл в португальский клуб «Спортинг» из Лиссабона. Контракт с футболистом был заключён на срок пять с половиной лет, сумма трансфера составила 7.5 млн евро. 18 марта 2018 года Вендел сыграл первый матч в чемпионате Португалии за новый клуб, выйдя на замену в конце второго тайма игры домашней игры «Спортинга» против Риу Аве. Всего до конца сезона бразилец отыграл 4 матча в чемпионате. 6 октября 2020 года стал игроком «Зенита». Представители лиссабонского клуба сообщили, что получили за переход игрока 20,3 миллиона евро плюс 4 млн евро бонусов. Соглашение рассчитано на пять лет. 17 марта 2021 года впервые забил за «Зенит», оформив дубль в ворота ЦСКА.