Ндиди начал карьеру в бельгийском клубе «Генк». 31 января 2015 года в матче против «Шарлеруа» он дебютировал в Жюпиле лиге. 15 января 2016 года в матче против «Зюльте-Варегем» Уилфред забил свой первый гол за «Генк». В конце 2016 года английский «Лестер Сити» предложил за Ндиди 15,5 млн фунтов. В начале 2017 года Уилфред присоединился к «лисам». 14 января в матче против «Челси» он дебютировал в английской Премьер-лиге. В апреле в поединке против «Сток Сити» Уилфред забил свой первый гол за «Лестер Сити».