В 2002 году начал профессиональную карьеру в фарм клубах «Шахтёра» — «Шахтёре-3» и «Шахтёре-2», за которые в сумме провёл 64 матча и забил 28 голов. Зимой 2007 года был отдан в аренду в киевский «Арсенал». В чемпионате Украины дебютировал 4 марта 2007 года в матче против одесского «Черноморца» (2:0). В июне 2008 года, вернувшись из аренды, Евгений подписал новый контракт с «Шахтёром» до 2013 года, но, отыграв за донецкую команду лишь один сезон. В сезоне 2008/09 вместе с командой стал обладателем Кубка УЕФА. 24 июля 2009 года Селезнёв подписал трёхлетнее соглашение с днепропетровским «Днепром». Сумма трансфера составила 4,5 миллиона евро. В первом-же сезоне в новой команде стал основным нападающим проведя в чемпионате Украины 27 матчей, в которых забил 13 голов. В следующем сезоне Селезнёв стал лучшим бомбардиром чемпионата Украины забив 17 мячей, опередив форварда «Металлиста» Марко Девича на 3 гола.