Фофана выступал за ряд футбольных академий в Париже, включая «Эсперанс Пари», «Ред Стар» и «Дранси», пока не стал игроком академии «Страсбура» 21 февраля 2017 года. 24 августа 2018 года дебютировал в основном составе «Страсбура» в матче французской Лиги 1 против «Лиона». 17 сентября 2018 года Юссуф подписал профессиональный контракт со «Страсбуром». 19 января 2019 года забил свой первый гол за клуб в матче чемпионата против «Монако».