8 октября 2016 года, в матче против сборной Дании, получил разрыв крестообразных связок левого колена. Ожидалось, что Милик не сможет сыграть до начала сезона 2017/18, однако уже в начале февраля 2017 года он был включён в заявку «Наполи» на матч. 24 сентября 2017 года, в матче против СПАЛа, получил разрыв крестообразных связок правого колена. В сезоне 2018/19 забил за «Наполи» 17 мячей в 35 матчах чемпионата Италии, став лучшим бомбардиром команды. Милик занял пятое место в списке лучших бомбардиров сезона в Серии А. 10 декабря 2019 года сделал хет-трик в ворота «Генка» к 38-й минуте домашнего матча Лиги чемпионов (4:0). Милик стал вторым поляком после Роберта Левандовского, кому удалось забить три мяча в одном матче Лиги чемпионов. Также этот хет-трик стал первым для футболистов «Наполи» в Лиге чемпионов.